从体质人类学和现代分子遗传学角度看，日本人是典型的东亚蒙古人种（东亚人），其基因主要由远古日本列岛土著"绳文人"、弥生时代从东北亚/朝鲜半岛南下的农耕移民"弥生人"，以及古坟时代从东亚大陆（含古代中原及周边）渡来的"古坟人"三层祖源混血融合而成。下面为您系统梳理。
日本人是不是亚洲人——体质人类学与基因学结论
日本人在人类学分类上属于东亚蒙古人种（东亚人/亚洲人），与中国人、朝鲜半岛人、蒙古人等同属东亚人群大簇，和欧洲高加索人种有明显基因差异。
体质特征：面部扁平度、内眦褶（蒙古褶）出现率、肤色、颅骨形态等均符合东亚黄种人典型特征，与东亚大陆人群高度接近。
基因亲缘：常染色体DNA分析显示，现代日本人与中国北方汉族、朝鲜族的遗传距离较近（关西地区日本人基因与古代黄河流域中国人尤为接近），远近于欧洲人或大洋洲土著。
结论：日本人是亚洲人（东亚人），是东亚大陆移民与日本列岛早期土著长期混血融合形成的独立民族——大和民族。
日本人DNA来源的"三方起源模型"（绳文·弥生·古坟）
现代遗传学与古DNA研究已基本取代早年单一的"绳文+弥生二元混血说"，提出三方起源模型（三重结构模型）：
绳文人（Jōmon）——列岛早期土著
约1.6万～3万年前从东亚大陆进入日本列岛，在冰河期后与大陆隔绝约万年，以渔猎采集为生。绳文人Y染色体以D1b（D2）单倍群为特征，线粒体DNA以M7a、N9b为主，是区别于东亚大陆农耕人群的独特谱系。现代大和人基因组中绳文成分约占10％～15％（关东/东北偏高，关西偏低，冲绳/阿伊努人可达20％～30％）。
弥生人（Yayoi）——弥生时代大陆渡来人（约公元前300年起）
青铜—铁器时代从朝鲜半岛南下进入日本九州，带来水稻种植和金属器技术。弥生人父系单倍群以O1b2（O-M176）、O2（O-M122）等典型东亚O系为主，基因与古代东北亚人群及朝鲜半岛青铜时代人高度接近，与古代中国北方及东北人群同源。他们是弥生时代日本列岛主要的新增东亚基因来源，与大和人主体基因关系密切。
古坟人（Kofun）——古坟时代东亚大陆渡来人（约公元3～7世纪）
古坟时代又有新一批东亚人群（含中原汉地及周边族群移民，经朝鲜半岛或直接渡海）进入日本，带来汉字、律令制、纺织技术等。古坟人基因组与古代黄河流域汉人群及东北亚人群相似度高。现代本州日本人约60％～70％的常染色体成分可追溯至古坟时代渡来群体。
综合而言：现代大和人≈弥生人+古坟人（主体东亚大陆来源，约占75％～85％）+绳文人（列岛土著残余，约占10％～15％～25％不等，地区有差异）。
"徐福东渡"与日本人血缘的关系
中国民间传说秦始皇派徐福带三千童男童女赴日求仙丹，日本部分地方也有徐福神社。但从古DNA证据看：
目前没有任何考古出土弥生人或古坟人骨骸检测到与秦人（战国晚期陕西—中原O系特定支系）直接对应的独特标记。
弥生人主体基因更接近朝鲜半岛青铜时代人群及广义东亚大陆农耕人群，古坟人接近中原—东北亚混合人群，并非特指"秦朝徐福船队"这一批次移民。
学界共识：徐福传说属文化传说，不能视作日本人主体血缘来源的史实；日本人的大陆血缘来自多批次、长时间跨度的东亚大陆人群迁徙融合，非单次远征所致。
地域差异——关西、关东、冲绳与北海道
日本人DNA来源比例在列岛内有明显地域分化：
关西（近畿）一带：绳文成分较低（约13％），古坟人/弥生人东亚成分高，与古代中原汉人基因亲和性相对更强。
关东及东北地区：绳文成分偏高（约18％～20％），保留更多早期土著及东北亚成分。
冲绳（琉球人）：绳文相关成分可达25％～30％，与九州本州有差异。
北海道阿伊努人：绳文血统占比很高（可超70％），是研究绳文人遗传的重要窗口。
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